Suku Ambon sangat agamawi.[78] Suku Ambon mayoritas beragama Kristen dengan minoritas Muslim yang signifikan. Islam dibawa oleh para pedagang Arab dan Jawa, sementara Kristen datang dalam dua gelombang. Gelombang pertama Kristen adalah dalam bentuk Katolik Roma yang dibawa oleh bangsa Portugis, dilanjutkan oleh Protestan yang dibawa oleh Belanda sejak zaman VOC. Walaupun kedua agama tersebut merupakan agama utama suku Ambon, mereka sendiri masih menjalankan beberapa peninggalan kepercayaan asli mereka, pemujaan roh nenek moyang, yang mereka peluk sebelum datangnya kedua agama tersebut ke Maluku.[64] Persaingan dan pergesekan di antara kaum Kristen dan Islam sempat memuncak pada akhir abad XIX.

Perbedaan sangat tampak di antara kedua kelompok agama tersebut, seperti pada mata pencaharian. Suku Ambon Islam umumnya bekerja dalam bidang perdagangan dan ekonomi, sementara yang Kristen lebih banyak memilih pekerjaan-pekerjaan seperti pegawai negeri, guru, tentara, polisi, dan politikus. Sepanjang sejarah, kaum Kristen pun lebih memperhatikan pendidikan, sedangkan kaum Islam sedari awal berpusat dalam bidang perdagangan, walau tidak dalam jumlah besar. Meskipun demikian, kini kaum Kristen sudah menaruh perhatian pada bidang ekonomi, khususnya jasa, serta pendidikan di kalangan Islam sudah jauh lebih maju dari masa lampau.[79] Kecenderungan merantau pun didapatkan di kalangan Kristen, membentuk penyebaran yang cukup besar, khususnya di Jawa.

Prakedatangan Islam dan Kristian

[[Berkas:Nae Baileu Soya 2018.jpg|jmpl|Nae baileu di Soya, Sirimau, Ambon pada 2018.]]Suku Ambon sebelum kedatangan Islam dan Kristen memuja roh, percaya pada makhluk-makhluk halus, roh-roh leluhur, dan kekuatan-kekuatan gaib. Dalam pemujaan roh suku Ambon, dikenal gagasan upu ama (makhluk halus baik) dan makhluk halus jahat, demikian pula Upu Lanite dan Upu Datu yang mereka anggap sebagai maha pencipta dunia.[80] Roh leluhur bersifat melindungi bila orang-orang tersebut melaksanakan adat, tetapi menghukum bila mereka tidak melaksanakannya. Sementara itu, kekuatan gaib dipercayai ada pada benda-benda pusaka, hewan, atau tumbuhan tertentu sehingga mereka harus diperlakukan baik agar membawa kebaikan dan kekuatan, seperti kain merah yang dianggap sebagai penangkal penyakit dan bahaya.[78] Bukti arkeologi pun menunjukkan gua-gua beserta lukisannya yang tersebar di seluruh penjuru Maluku, khususnya Seram, yang melukiskan tangan, manusia, hewan, dan perahu; dipercayai bersangkutan dengan kematian.[81] Hingga kini gua-gua tersebut masih dianggap keramat oleh orang-orang Maluku, sehingga tidak boleh dimasuki sebelum diadakan upacara.[82] Kepercayaan seperti inilah yang melahirkan upacara-upacara adat yang masih dilaksanakan hingga kini.[78]

Salah satu peninggalan pemujaan roh yang paling dekat dengan suku Ambon hingga sekarang adalah nae baileu (cuci negeri).[64] Pada upacara adat tersebut, negeri harus dibersihkan, termasuk baileo, rumah, dan pekarangan yang dilanjutkan dengan makan dan minum bersama. Dipercayai bahwa penyakit akan datang dan panen tidak akan berhasil bila upacara ini tidak dilaksanakan. Mereka pun mempercayai bahwa upacara tersebut dapat menjadi perantara masyarakat negeri dengan nenek moyang dan Tuhan.[78] Selain upacara adat tersebut, suku Ambon di Pulau Ambon masih ada tempat-tempat yang dikenal sebagai tempat pemujaan untuk memohon kekuatan baik: Batu Marawael di Hatalai, Tampayang Setan di Gunung Sirimau, dan Batu Teong di Urimessing. Hingga kini dikenal juga tiup-tiup (mantra) untuk menyembuhkan orang sakit dan tali kaeng (ikat pinggang) yang masih digunakan dalam pakaian pengantin sebagai penangkal bahaya.[80] Perpaduan antara kepercayaan asli dan agama utama suku Ambon sekarang ini masih dipertahankan di beberapa negeri dan negeri.[83]